Bug 2280808

Summary: dnf does not aknowlage the update from fc38 to fc39
Product: [Fedora] Fedora Reporter: customercare
Component: rpmAssignee: Packaging Maintenance Team <packaging-team-maint>
Status: CLOSED INSUFFICIENT_DATA QA Contact: Fedora Extras Quality Assurance <extras-qa>
Severity: urgent Docs Contact:
Priority: unspecified    
Version: 39CC: daniel.mach, igor.raits, jmracek, jrohel, mblaha, mdomonko, ngompa13, packaging-team-maint, pkratoch, pmatilai, rpm-software-management
Target Milestone: ---   
Target Release: ---   
Hardware: Unspecified   
OS: Unspecified   
Whiteboard:
Fixed In Version: Doc Type: If docs needed, set a value
Doc Text:
Story Points: ---
Clone Of: Environment:
Last Closed: 2024-08-13 07:22:54 UTC Type: Bug
Regression: --- Mount Type: ---
Documentation: --- CRM:
Verified Versions: Category: ---
oVirt Team: --- RHEL 7.3 requirements from Atomic Host:
Cloudforms Team: --- Target Upstream Version:
Embargoed:
Attachments:
Description Flags
this updates destroyed the database and the release info! none

Description customercare 2024-05-16 11:34:10 UTC
HISTORY:

This morning i decided to update the OS with 

rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-39-x86_64
dnf --allowerasing --releasever=39 --setopt=deltarpm=false distro-sync 

as like the last 23 os upgrades on this pc. Correct: this got installed with FC15 ;)

The entire update process went throu, but when i tried to reboot, the system did not cam up, it said nvidia mod is missing, which it was.

It was missing because of akmods thinking that the kernel was not installed.

It was thinking this because of :

labrt-addon-kerneloops-2.17.1-1.fc38.x86_64
kernel-6.5.11-100.fc37.x86_64
kernel-6.5.12-100.fc37.x86_64
kernel-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-core-6.5.11-100.fc37.x86_64
kernel-core-6.5.12-100.fc37.x86_64
kernel-core-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-devel-6.5.11-100.fc37.x86_64
kernel-devel-6.5.12-100.fc37.x86_64
kernel-devel-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-devel-matched-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-headers-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-modules-6.5.11-100.fc37.x86_64
kernel-modules-6.5.12-100.fc37.x86_64
kernel-modules-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-modules-core-6.5.11-100.fc37.x86_64
kernel-modules-core-6.5.12-100.fc37.x86_64
kernel-modules-core-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-modules-extra-6.5.11-100.fc37.x86_64
kernel-modules-extra-6.5.12-100.fc37.x86_64
kernel-modules-extra-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-srpm-macros-1.0-19.fc38.noarch
kernel-tools-6.6.2-101.fc38.x86_64
kernel-tools-libs-6.6.2-101.fc38.x86_64
libreport-plugin-kerneloops-2.17.11-1.fc38.x86_64
texlive-l3kernel-svn65299-65.fc38.noarch

[root@eve rpm]# ls -la /boot/vm*
-rwxr-xr-x. 1 root root  7029992  2. Apr 2017  /boot/vmlinuz-0-rescue-7e390913b33b4e5ba8f960a9ba97aeee
-rwxr-xr-x. 1 root root 15613768 27. Apr 02:00 /boot/vmlinuz-6.8.8-100.fc38.x86_64
-rwxr-xr-x. 1 root root 15646536  2. Mai 02:00 /boot/vmlinuz-6.8.9-100.fc38.x86_64
-rwxr-xr-x. 1 root root 15646536  2. Mai 02:00 /boot/vmlinuz-6.8.9-200.fc39.x86_64

RPM Database is complete fucked up:

This is wrong:

# ls -ls /usr/lib/sysimage/rpm
insgesamt 330624
330592 -rw-r--r--. 1 root root 338522112 16. Mai 13:08 rpmdb.sqlite
    32 -rw-r--r--. 1 root root     32768 16. Mai 13:12 rpmdb.sqlite-shm
     0 -rw-r--r--. 1 root root         0 16. Mai 13:08 rpmdb.sqlite-wal

it should look like this:

[root@c1 ~]# ls -la /usr/lib/sysimage/rpm/
insgesamt 8
drwxr-xr-x 2 root root 4096 13. Nov 2023  .
drwxr-xr-x 3 root root 4096 19. Jan 2023  ..
lrwxrwxrwx 1 root root   34  1. Jan 22:02 .migratedb -> ../../../../var/lib/rpm/.migratedb
lrwxrwxrwx 1 root root   36  1. Jan 22:02 rpmdb.sqlite -> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite
lrwxrwxrwx 1 root root   40  1. Jan 22:02 rpmdb.sqlite-shm -> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite-shm
lrwxrwxrwx 1 root root   40  1. Jan 22:02 rpmdb.sqlite-wal -> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite-wal
lrwxrwxrwx 1 root root   33  1. Jan 22:02 .rpm.lock -> ../../../../var/lib/rpm/.rpm.lock

so i made the transition manually and removed the files, linked them correctly, no tool complained. 

I did the entire distro-sync again, so rpm can update the database normaly, even if it's no actual update, more a reinstall and it ended up with this again:


# ls -ls /usr/lib/sysimage/rpm
insgesamt 330624
330592 -rw-r--r--. 1 root root 338522112 16. Mai 13:08 rpmdb.sqlite
    32 -rw-r--r--. 1 root root     32768 16. Mai 13:12 rpmdb.sqlite-shm
     0 -rw-r--r--. 1 root root         0 16. Mai 13:08 rpmdb.sqlite-wal

it reversed the symlinking is back to a database in sysimage/rpm.

No matter what i do, dnf tries to update the system from FC37/38 to Fc39 .. again and again and again.

There is also no way to rebuild the corrupt rpm database from scratch.

rpmdb --rebuilddb 

does not find any errors, but removes 50% of the sqlite dbfile:

-rw-r--r--. 1 root root 323M 16. Mai 13:08 /usr/lib/sysimage/rpm/rpmdb.sqlite
-rw-r--r--. 1 root root 598M  2. Dez 12:04 /var/lib/rpm/rpmdb.sqlite

We can also see, that /var/lib/rpm/rpmdb.sqlite is unchanged since 2023, even after i did the symlinking to it and rpm still uses HARDCODED /usr/lib/sysimage/rpm as path.

DNF does not accept, that this system is fedora 39 already, as /etc/os-release states. it still believes it's Fedora 38 .


See here:

[root@eve rpm]# dnf install dnf5
Letzte Prüfung auf abgelaufene Metadaten: vor 1:16:02 am Do 16 Mai 2024 11:51:59 CEST.
Abhängigkeiten sind aufgelöst.
================================================================================================================================================================================================================================================================================
 Paket                                                               Architektur                                                    Version                                                               Paketquelle                                                     Größe
================================================================================================================================================================================================================================================================================
Installieren:
 dnf5                                                                x86_64                                                         5.1.17-1.fc38                                                         updates                                                         674 k
Abhängigkeiten werden installiert:
 libdnf5                                                             x86_64                                                         5.1.17-1.fc38                                                         updates                                                         963 k
 libdnf5-cli                                                         x86_64                                                         5.1.17-1.fc38                                                         updates                                                         217 k
 sdbus-cpp                                                           x86_64                                                         1.2.0-2.fc38                                                          fedora                                                           99 k

Transaktionszusammenfassung
================================================================================================================================================================================================================================================================================
Installieren  4 Pakete

Gesamte Downloadgröße: 1.9 M
Installationsgröße: 5.2 M
Ist dies in Ordnung? [j/N]: j
Pakete werden heruntergeladen:
(1/4): sdbus-cpp-1.2.0-2.fc38.x86_64.rpm                                                                                                                                                                                                        1.0 MB/s |  99 kB     00:00    
(2/4): dnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64.rpm                                                                                                                                                                                                            3.4 MB/s | 674 kB     00:00    
(3/4): libdnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64.rpm                                                                                                                                                                                                         4.1 MB/s | 963 kB     00:00    
(4/4): libdnf5-cli-5.1.17-1.fc38.x86_64.rpm                                                                                                                                                                                                     984 kB/s | 217 kB     00:00    
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Gesamt                                                                                                                                                                                                                                          3.6 MB/s | 1.9 MB     00:00     
Transaktionsüberprüfung wird ausgeführt
Transaktionsüberprüfung war erfolgreich.
Transaktion wird getestet
Transaktionstest war erfolgreich.
Transaktion wird ausgeführt
  Vorbereitung läuft    :                                                                                                                                                                                                                                                   1/1 
  Installieren          : libdnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                      1/4 
  Installieren          : libdnf5-cli-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                  2/4 
  Installieren          : sdbus-cpp-1.2.0-2.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                     3/4 
  Installieren          : dnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                         4/4 
  Ausgeführtes Scriptlet: dnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                         4/4 
  Überprüfung läuft     : sdbus-cpp-1.2.0-2.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                     1/4 
  Überprüfung läuft     : dnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                         2/4 
  Überprüfung läuft     : libdnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                      3/4 
  Überprüfung läuft     : libdnf5-cli-5.1.17-1.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                  4/4 

Installiert:
  dnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                       libdnf5-5.1.17-1.fc38.x86_64                                       libdnf5-cli-5.1.17-1.fc38.x86_64                                       sdbus-cpp-1.2.0-2.fc38.x86_64                                      

Fertig!
[root@eve rpm]# cat /etc/os-release 
NAME="Fedora Linux"
VERSION="39 (Thirty Nine)"
ID=fedora
VERSION_ID=39
VERSION_CODENAME=""
PLATFORM_ID="platform:f39"
PRETTY_NAME="Fedora Linux 39 (Thirty Nine)"
ANSI_COLOR="0;38;2;60;110;180"
LOGO=fedora-logo-icon
CPE_NAME="cpe:/o:fedoraproject:fedora:39"
DEFAULT_HOSTNAME="fedora"
HOME_URL="https://fedoraproject.org/"
DOCUMENTATION_URL="https://docs.fedoraproject.org/en-US/fedora/f39/system-administrators-guide/"
SUPPORT_URL="https://ask.fedoraproject.org/"
BUG_REPORT_URL="https://bugzilla.redhat.com/"
REDHAT_BUGZILLA_PRODUCT="Fedora"
REDHAT_BUGZILLA_PRODUCT_VERSION=39
REDHAT_SUPPORT_PRODUCT="Fedora"
REDHAT_SUPPORT_PRODUCT_VERSION=39
SUPPORT_END=2024-11-12


it installs packages from F38 instead of F39! How can that be!?!?!

Where does it get that information from? I purged all caches.


While i spent my morning debugging it, i found one hint that could bring light to it:

rpmbdb --rebuilddb 

was unable to create the .rpm.lock file, for no obvious reason. the real reason was: SELINUX 

after disabling sel on runtime, it could again create that file. But it did not help.

My Guess:

SELINUX also prevented some other files from being overwritten


VERSIONS:

The situation is as this:

# dnf --version
4.19.2
  Installiert: dnf-0:4.18.1-1.fc38.noarch am Sa 02 Dez 2023 10:36:13 GMT
  Erstellt   : Fedora Project am Mi 08 Nov 2023 08:20:57 GMT

  Installiert: rpm-0:4.18.2-1.fc38.x86_64 am Sa 02 Dez 2023 10:34:59 GMT
  Erstellt   : Fedora Project am Mo 13 Nov 2023 15:42:46 GMT


I can't tell you what got installed and what not. All infos are corrupt and outdated.

BEFORE the osupgrade this morning, system was in perfect condition. Installs and updates worked.

Comment 1 customercare 2024-05-16 11:58:04 UTC
UPDATE:

Fixed DNF ReleaseVer Bug :

[root@eve lib]# dnf update --releasever=39 fedora-release*
Letzte Prüfung auf abgelaufene Metadaten: vor 1:57:36 am Do 16 Mai 2024 11:51:59 CEST.
Abhängigkeiten sind aufgelöst.
================================================================================================================================================================================================================================================================================
 Paket                                                                          Architektur                                             Version                                                        Paketquelle                                                        Größe
================================================================================================================================================================================================================================================================================
Aktualisieren:
 fedora-gpg-keys                                                                noarch                                                  39-1                                                           fedora                                                             130 k
 fedora-release                                                                 noarch                                                  39-36                                                          updates                                                            8.6 k
 fedora-release-common                                                          noarch                                                  39-36                                                          updates                                                             19 k
 fedora-release-identity-basic                                                  noarch                                                  39-36                                                          updates                                                            9.4 k
 fedora-repos                                                                   noarch                                                  39-1                                                           fedora                                                             9.3 k
     Ersetzen  fedora-repos-modular.noarch 38-1
 fedora-repos-archive                                                           noarch                                                  39-1                                                           fedora                                                             8.8 k
 fedora-repos-rawhide                                                           noarch                                                  39-1                                                           fedora                                                             8.9 k
     Ersetzen  fedora-repos-rawhide-modular.noarch 38-1
 filesystem                                                                     x86_64                                                  3.18-6.fc39                                                    fedora                                                             1.1 M
 rpmfusion-free-release                                                         noarch                                                  39-1                                                           rpmfusion-free                                                      11 k
 rpmfusion-nonfree-release                                                      noarch                                                  39-1                                                           rpmfusion-nonfree                                                   11 k

Transaktionszusammenfassung
================================================================================================================================================================================================================================================================================
Aktualisieren  10 Pakete

Gesamte Downloadgröße: 1.3 M
Ist dies in Ordnung? [j/N]: j
Pakete werden heruntergeladen:
(1/10): fedora-repos-39-1.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                            172 kB/s | 9.3 kB     00:00    
(2/10): fedora-repos-archive-39-1.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                    109 kB/s | 8.8 kB     00:00    
(3/10): fedora-gpg-keys-39-1.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                         1.2 MB/s | 130 kB     00:00    
(4/10): fedora-repos-rawhide-39-1.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                    146 kB/s | 8.9 kB     00:00    
(5/10): fedora-release-39-36.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                          74 kB/s | 8.6 kB     00:00    
(6/10): fedora-release-common-39-36.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                  127 kB/s |  19 kB     00:00    
(7/10): filesystem-3.18-6.fc39.x86_64.rpm                                                                                                                                                                                                       5.3 MB/s | 1.1 MB     00:00    
(8/10): fedora-release-identity-basic-39-36.noarch.rpm                                                                                                                                                                                          138 kB/s | 9.4 kB     00:00    
(9/10): rpmfusion-free-release-39-1.noarch.rpm                                                                                                                                                                                                   90 kB/s |  11 kB     00:00    
(10/10): rpmfusion-nonfree-release-39-1.noarch.rpm                                                                                                                                                                                               85 kB/s |  11 kB     00:00    
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Gesamt                                                                                                                                                                                                                                          983 kB/s | 1.3 MB     00:01     
Transaktionsüberprüfung wird ausgeführt
Transaktionsüberprüfung war erfolgreich.
Transaktion wird getestet
Transaktionstest war erfolgreich.
Transaktion wird ausgeführt
  Ausgeführtes Scriptlet: filesystem-3.18-6.fc39.x86_64                                                                                                                                                                                                                     1/1 
  Vorbereitung läuft    :                                                                                                                                                                                                                                                   1/1 
  Aktualisieren         : fedora-release-identity-basic-39-36.noarch                                                                                                                                                                                                       1/22 
  Aktualisieren         : filesystem-3.18-6.fc39.x86_64                                                                                                                                                                                                                    2/22 
  Aktualisieren         : fedora-gpg-keys-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                      3/22 
  Aktualisieren         : fedora-release-39-36.noarch                                                                                                                                                                                                                      4/22 
  Aktualisieren         : fedora-repos-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                         5/22 
  Aktualisieren         : fedora-release-common-39-36.noarch                                                                                                                                                                                                               6/22 
  Aktualisieren         : fedora-repos-archive-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 7/22 
  Aktualisieren         : fedora-repos-rawhide-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 8/22 
  Aktualisieren         : rpmfusion-free-release-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                               9/22 
  Aktualisieren         : rpmfusion-nonfree-release-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                           10/22 
  Veraltet              : fedora-repos-rawhide-modular-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                        11/22 
Warnung: Datei /etc/yum.repos.d/fedora-rawhide-modular.repo: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

  Aufräumen             : fedora-repos-rawhide-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                12/22 
  Aufräumen             : rpmfusion-nonfree-release-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                           13/22 
Warnung: Datei /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-rpmfusion-nonfree-fedora-38: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

  Aufräumen             : rpmfusion-free-release-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                              14/22 
Warnung: Datei /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-rpmfusion-free-fedora-38: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

  Aufräumen             : fedora-repos-archive-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                15/22 
  Veraltet              : fedora-repos-modular-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                16/22 
Warnung: Datei /etc/yum.repos.d/fedora-updates-testing-modular.repo: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Warnung: Datei /etc/yum.repos.d/fedora-updates-modular.repo: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Warnung: Datei /etc/yum.repos.d/fedora-modular.repo: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

  Aufräumen             : fedora-release-common-38-36.noarch                                                                                                                                                                                                              17/22 
Warnung: Datei /usr/lib/swidtag/fedoraproject.org/org.fedoraproject.Fedora-38.swidtag: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

  Aufräumen             : fedora-repos-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                        18/22 
  Aufräumen             : fedora-release-38-36.noarch                                                                                                                                                                                                                     19/22 
  Aufräumen             : fedora-release-identity-basic-38-36.noarch                                                                                                                                                                                                      20/22 
  Aufräumen             : fedora-gpg-keys-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                     21/22 
Warnung: Datei /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-modularity: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Warnung: Datei /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-38-fedora: remove failed: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

  Aufräumen             : filesystem-3.18-3.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                   22/22 
  Ausgeführtes Scriptlet: filesystem-3.18-6.fc39.x86_64                                                                                                                                                                                                                   22/22 
  Ausgeführtes Scriptlet: filesystem-3.18-3.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                   22/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-gpg-keys-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                      1/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-gpg-keys-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                      2/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                         3/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                         4/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-modular-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 5/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-archive-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 6/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-archive-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 7/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-rawhide-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 8/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-rawhide-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                                 9/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-repos-rawhide-modular-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                        10/22 
  Überprüfung läuft     : filesystem-3.18-6.fc39.x86_64                                                                                                                                                                                                                   11/22 
  Überprüfung läuft     : filesystem-3.18-3.fc38.x86_64                                                                                                                                                                                                                   12/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-release-39-36.noarch                                                                                                                                                                                                                     13/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-release-38-36.noarch                                                                                                                                                                                                                     14/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-release-common-39-36.noarch                                                                                                                                                                                                              15/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-release-common-38-36.noarch                                                                                                                                                                                                              16/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-release-identity-basic-39-36.noarch                                                                                                                                                                                                      17/22 
  Überprüfung läuft     : fedora-release-identity-basic-38-36.noarch                                                                                                                                                                                                      18/22 
  Überprüfung läuft     : rpmfusion-free-release-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                              19/22 
  Überprüfung läuft     : rpmfusion-free-release-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                              20/22 
  Überprüfung läuft     : rpmfusion-nonfree-release-39-1.noarch                                                                                                                                                                                                           21/22 
  Überprüfung läuft     : rpmfusion-nonfree-release-38-1.noarch                                                                                                                                                                                                           22/22 

Aktualisiert:
  fedora-gpg-keys-39-1.noarch       fedora-release-39-36.noarch            fedora-release-common-39-36.noarch        fedora-release-identity-basic-39-36.noarch     fedora-repos-39-1.noarch     fedora-repos-archive-39-1.noarch     fedora-repos-rawhide-39-1.noarch    
  filesystem-3.18-6.fc39.x86_64     rpmfusion-free-release-39-1.noarch     rpmfusion-nonfree-release-39-1.noarch    

Fertig!

Now it can detect that we have Fedora 39:

[root@eve lib]# dnf  -d 10 update firefox
timer: config: 16 ms
Geladene Plugins: builddep, changelog, config-manager, copr, debug, debuginfo-install, download, generate_completion_cache, groups-manager, needs-restarting, notify-packagekit, playground, repoclosure, repodiff, repograph, repomanage, reposync, system-upgrade
DNF version: 4.19.2
Command: dnf -d 10 update firefox 
Installroot: /
Releasever: 39
cachedir: /var/cache/dnf
Base command: update
Extra commands: ['-d', '10', 'update', 'firefox']
User-Agent: constructed: 'libdnf (Fedora Linux 39; generic; Linux.x86_64)'
Paketquelle: Cache verwenden für: copr:copr.fedorainfracloud.org:phracek:PyCharm
copr:copr.fedorainfracloud.org:phracek:PyCharm: Metadaten von Mo 18 Mär 2024 12:54:48 CET werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: fedora
fedora: Metadaten von Mi 01 Nov 2023 01:12:39 CET werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: fedora-cisco-openh264
fedora-cisco-openh264: Metadaten von Di 12 Mär 2024 13:13:24 CET werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: updates
updates: Metadaten von Do 16 Mai 2024 03:04:08 CEST werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: rpmfusion-free
rpmfusion-free: Metadaten von Sa 04 Nov 2023 17:49:08 CET werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: rpmfusion-free-updates
rpmfusion-free-updates: Metadaten von Mi 08 Mai 2024 13:56:17 CEST werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: rpmfusion-nonfree
rpmfusion-nonfree: Metadaten von Sa 04 Nov 2023 18:26:32 CET werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: rpmfusion-nonfree-nvidia-driver
rpmfusion-nonfree-nvidia-driver: Metadaten von Do 02 Mai 2024 16:37:09 CEST werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: rpmfusion-nonfree-steam
rpmfusion-nonfree-steam: Metadaten von Sa 20 Apr 2024 15:10:44 CEST werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: rpmfusion-nonfree-updates
rpmfusion-nonfree-updates: Metadaten von Mi 08 Mai 2024 14:16:26 CEST werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: skype-stable
skype-stable: Metadaten von Di 28 Nov 2023 12:15:16 CET werden verwendet.
Paketquelle: Cache verwenden für: WineHQ
WineHQ: Metadaten von Sa 04 Mai 2024 19:55:45 CEST werden verwendet.
Letzte Prüfung auf abgelaufene Metadaten: vor 1:57:57 am Do 16 Mai 2024 11:51:59 CEST.
timer: sack setup: 767 ms
Schließt in dnf.conf aus: fedora-logos*, kde-connect*, kde-connect-libs, kdeconnectd*
--> Abhängigkeitsauflösung wird gestartet
---> Package firefox.x86_64 120.0-3.fc38 wird aktualiert
---> Paket firefox.x86_64 125.0.3-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package firefox-langpacks.x86_64 120.0-3.fc38 wird aktualiert
---> Paket firefox-langpacks.x86_64 125.0.3-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc.i686 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc.i686 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-common.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-common.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-devel.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-devel.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-doc.noarch 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-doc.noarch 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-gconv-extra.i686 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-gconv-extra.i686 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-gconv-extra.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-gconv-extra.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-headers-x86.noarch 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-headers-x86.noarch 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-langpack-de.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-langpack-de.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package glibc-langpack-en.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket glibc-langpack-en.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package libnsl.x86_64 2.37-14.fc38 wird aktualiert
---> Paket libnsl.x86_64 2.38-18.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss.i686 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss.i686 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss.x86_64 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss.x86_64 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-softokn.i686 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-softokn.i686 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-softokn.x86_64 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-softokn.x86_64 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-softokn-freebl.i686 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-softokn-freebl.i686 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-softokn-freebl.x86_64 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-softokn-freebl.x86_64 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-sysinit.x86_64 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-sysinit.x86_64 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-tools.x86_64 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-tools.x86_64 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-util.i686 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-util.i686 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
---> Package nss-util.x86_64 3.94.0-2.fc38 wird aktualiert
---> Paket nss-util.x86_64 3.99.0-1.fc39 würde aktualisiert
--> Abhängigkeitsauflösung wurde abgeschlossen
timer: depsolve: 127 ms
Abhängigkeiten sind aufgelöst.
================================================================================================================================================================================================================================================================================
 Paket                                                                    Architektur                                                  Version                                                              Paketquelle                                                   Größe
================================================================================================================================================================================================================================================================================
Aktualisieren:
 firefox                                                                  x86_64                                                       125.0.3-1.fc39                                                       updates                                                        68 M
 firefox-langpacks                                                        x86_64                                                       125.0.3-1.fc39                                                       updates                                                        45 M
 glibc                                                                    i686                                                         2.38-18.fc39                                                         updates                                                       1.9 M
 glibc                                                                    x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       2.2 M
 glibc-common                                                             x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       353 k
 glibc-devel                                                              x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                        86 k
 glibc-doc                                                                noarch                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       1.1 M
 glibc-gconv-extra                                                        i686                                                         2.38-18.fc39                                                         updates                                                       1.7 M
 glibc-gconv-extra                                                        x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       1.6 M
 glibc-headers-x86                                                        noarch                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       571 k
 glibc-langpack-de                                                        x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       585 k
 glibc-langpack-en                                                        x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       613 k
 libnsl                                                                   x86_64                                                       2.38-18.fc39                                                         updates                                                       114 k
 nss                                                                      i686                                                         3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       759 k
 nss                                                                      x86_64                                                       3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       702 k
 nss-softokn                                                              i686                                                         3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       446 k
 nss-softokn                                                              x86_64                                                       3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       419 k
 nss-softokn-freebl                                                       i686                                                         3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       419 k
 nss-softokn-freebl                                                       x86_64                                                       3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       381 k
 nss-sysinit                                                              x86_64                                                       3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                        18 k
 nss-tools                                                                x86_64                                                       3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                       542 k
 nss-util                                                                 i686                                                         3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                        90 k
 nss-util                                                                 x86_64                                                       3.99.0-1.fc39                                                        updates                                                        87 k

Transaktionszusammenfassung
================================================================================================================================================================================================================================================================================
Aktualisieren  23 Pakete



And now updates gets written into the rpm database again. Still the WRONG one, but at least it's now permanent.

I also found out, it happend to someone else too :

https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1575433

so rpm & dnf still have a RACE condition in the update process.

Comment 2 customercare 2024-05-16 12:05:10 UTC
Question:

i noticed that the Fc15->F39 pc used a "fedora-release-common" package and my 8 younger tablet uses "fedora-release-workstation".

Should i exchange them?

Comment 3 customercare 2024-05-16 12:47:06 UTC
AFTER updating all files again. and rebooting and having a normal "dnf update", the RPM Database is back to Fedora 38.

W T F!

One of the updated packages is responsible. I attach a log.

Comment 4 customercare 2024-05-16 12:47:45 UTC
Created attachment 2033569 [details]
this updates destroyed the database and the release info!

Comment 5 customercare 2024-05-16 12:53:11 UTC
Can someone pls FIX the RPM package?

  Überprüfung läuft     : rpm-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                                                      1714/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-4.18.2-1.fc38.x86_64                                                                                                                        1715/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-build-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                                                1716/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-build-4.18.2-1.fc38.x86_64                                                                                                                  1717/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-build-libs-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                                           1718/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-build-libs-4.18.2-1.fc38.x86_64                                                                                                             1719/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-libs-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                                                 1720/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-libs-4.18.2-1.fc38.x86_64                                                                                                                   1721/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-ostree-libs-2024.5-1.fc39.x86_64                                                                                                            1722/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-ostree-libs-2023.10-3.fc38.x86_64                                                                                                           1723/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-plugin-selinux-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                                       1724/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-plugin-selinux-4.18.2-1.fc38.x86_64                                                                                                         1725/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-plugin-systemd-inhibit-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                               1726/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-plugin-systemd-inhibit-4.18.2-1.fc38.x86_64                                                                                                 1727/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-sign-libs-4.19.1.1-1.fc39.x86_64                                                                                                            1728/1839 
  Überprüfung läuft     : rpm-sign-libs-4.18.2-1.fc38.x86_64  


RESULT:

[root@eve rpm]# ls -ls /usr/lib/sysimage/rpm/
insgesamt 96
 0 lrwxrwxrwx. 1 root root    36 16. Mai 14:37 rpmdb.sqlite -> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite
96 -rw-r--r--. 1 root root 98304 16. Mai 14:40 rpmdb.sqlite-shm
 0 -rw-r--r--. 1 root root     0 16. Mai 14:40 rpmdb.sqlite-wal
[root@eve rpm]# 

drwxr-xr-x.   2 root root      4096 16. Mai 14:39 .
drwxr-xr-x. 104 root root      4096 21. Jul 2023  ..
-rw-r--r--.   1 root root         0 16. Mai 14:39 .migratedb
-rw-r--r--.   1 root root 626982912 16. Mai 14:42 rpmdb.sqlite
-rw-r--r--.   1 root root     32768 16. Mai 14:43 rpmdb.sqlite-shm
-rw-r--r--.   1 root root         0 16. Mai 14:42 rpmdb.sqlite-wal
-rw-r--r--.   1 root root         0 31. Okt 2022  .rpm.lock

I really need to do full sysupgrade for the SIXED time :(((

Comment 6 customercare 2024-05-16 14:23:36 UTC
FINALLY:

after the sixth full update to F39 it looks like, this is now stable.

the /u/l/sysimage/rpm/* links to /var/lib/rpm/* as it should be.

Comment 7 Michal Domonkos 2024-06-10 12:08:24 UTC
(In reply to customercare from comment #0)
> RPM Database is complete fucked up:
> 
> This is wrong:
> 
> # ls -ls /usr/lib/sysimage/rpm
> insgesamt 330624
> 330592 -rw-r--r--. 1 root root 338522112 16. Mai 13:08 rpmdb.sqlite
>     32 -rw-r--r--. 1 root root     32768 16. Mai 13:12 rpmdb.sqlite-shm
>      0 -rw-r--r--. 1 root root         0 16. Mai 13:08 rpmdb.sqlite-wal

This is NOT wrong.  The new location *is* /usr/lib/sysimage/rpm:

https://fedoraproject.org/wiki/Changes/RelocateRPMToUsr

> it should look like this:
> 
> [root@c1 ~]# ls -la /usr/lib/sysimage/rpm/
> insgesamt 8
> drwxr-xr-x 2 root root 4096 13. Nov 2023  .
> drwxr-xr-x 3 root root 4096 19. Jan 2023  ..
> lrwxrwxrwx 1 root root   34  1. Jan 22:02 .migratedb ->
> ../../../../var/lib/rpm/.migratedb
> lrwxrwxrwx 1 root root   36  1. Jan 22:02 rpmdb.sqlite ->
> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite
> lrwxrwxrwx 1 root root   40  1. Jan 22:02 rpmdb.sqlite-shm ->
> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite-shm
> lrwxrwxrwx 1 root root   40  1. Jan 22:02 rpmdb.sqlite-wal ->
> ../../../../var/lib/rpm/rpmdb.sqlite-wal
> lrwxrwxrwx 1 root root   33  1. Jan 22:02 .rpm.lock ->
> ../../../../var/lib/rpm/.rpm.lock

These file symlinks are just an intermediate step done by rpm's %pre scriptlet, see the wiki page above.

Apparently, the automatic transition was successful, anything in the report that follows after the manual attempt to "fix" it therefore is undefined behavior.

Comment 8 customercare 2024-06-10 12:34:46 UTC
I have an entire server farm of independent Fedora installations, that disagree with that paper ;) 

Newly installed Fedora 38's have the rpm database in sysimage/rpm as the paper said, but upgraded ones ( over the time from F24), do not.

Conclusion: a bug in the post scripts for that change. 

Solution:

1. detect mistake by checking if /u/l/sysimga/rpm/.migratedb is a symlink

2. remove symlinks

3. move database to correct path 

4. recreated symlinks in /var/lib/rpm OR, my favorite, forget the five seperate symlinks and just link /var/lib/rpm itself to /u/l/sysimage/rpm, same result, but less complexity.

Comment 9 Michal Domonkos 2024-06-10 12:58:00 UTC
@ngompa13, could you please have a look at this one (esp. the previous comment)?

It seems to be the case that the DB migration has failed on OP's system during one of these system upgrades in the past, and was never properly recovered from.  One potential culprit that comes to mind:
https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=2042147#c13

We've also recently closed a PR of yours that seemed to address a similar issue:
https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=2042147#c13

Note that we were going to remove the DB migration logic (the scriptlets & systemd service) entirely from Rawhide, though.  Should we reconsider and instead update the scriptlets to be able to fix a borked migration like the one described in this bug report?

Thanks!

Comment 10 Michal Domonkos 2024-06-10 13:00:41 UTC
(In reply to Michal Domonkos from comment #9)
> We've also recently closed a PR of yours that seemed to address a similar
> issue:
> https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=2042147#c13

Oops, correct link: https://src.fedoraproject.org/rpms/rpm/pull-request/39

Comment 11 Michal Domonkos 2024-08-13 07:22:54 UTC
OK, there's not much we can do about this, it seems like so I'll close now.

Comment 12 Red Hat Bugzilla 2024-12-12 04:25:06 UTC
The needinfo request[s] on this closed bug have been removed as they have been unresolved for 120 days